Конструкция estar + gerundio в прошедшем времени имеет 2 формы: когда глагол estar ставится в Pretérito Indefinido и когда он используется в Pretérito Imperfecto. Выбор формы зависит от смысла высказывания.

Если речь идет о длительном действии, но завершенном в определенный период времени, то estar употребляется в простом прошедшем.

Примеры:

¡Ayer estuvimos jugando al fútbol durante tres horas sin pausa! - Мы вчера играли в футбол в течение трех часов без перерыва!
Estuvieron trabajando en este proyecto hasta el fin del día y por último tomaron una resolución como se podía realizarlo. - Они проработали над этим проектом до конца дня и наконец пришли к решению, как можно его реализовать.

Если же нужно подчеркнуть длительность комментария к какому-либо событию в прошлом, то estar ставится в имперфект.

Примеры:

Me llamaste cuando estaba duchandome. - Ты мне позвонил(а), когда я был(а) в душе.
Cuando estaba corriendo este mañana, vi una liebre en el lindero del bosque. - Когда я бегал сегодня утром, видел зайца на опушке леса.